Alianza Lima empezaba su campaña en el Clausura 2001 una tarde de sábado ante Deportivo Wanka. En el complemento el técnico Jaime Duarte ordenó la salida de Waldir Sáenz para que ingresara Jefferson Farfán, que ya había jugado amistosos con el primer equipo poco antes. A poco del final y con Alianza ganando 2-1, un desborde de la "Foquita" estuvo a punto de gestar un tercer tanto aliancista. Farfán no jugó más en lo que restó de la temporada, pero pudo sumar su primer título nacional.
Para la temporada 2002 Jefferson se mantuvo en el plantel, dirigido entonces por Franco Navarro, pero recién tuvo continuidad sobre el final del Apertura. En la última fecha Alianza afrontaba un partido decisivo en Sullana y el aporte de Jeffry fue fundamental: asistencia para su tío Roberto y una corrida para propiciar el penal que José Soto convirtió y dilató la definición de aquel torneo.
En el Clausura 2002 Jefferson ya era titular, pero no se le abría el arco. Hubo varias fechas de sequía para los atacantes de Alianza. Hasta llegar a la fecha 14: el cuadro blanquimorado (era octubre) visitó a Melgar y Farfán convirtió al fin su primer tanto como profesional: pase de Henry Quinteros y definió ante la salida de Félix Escuza. Quien escribe vio en vivo (por tele) aquel tanto. Poco después le anotó a Nacional en el Centenario (golazo) por la Copa Sudamericana y cerró la temporada con gol ante Alianza Atlético.
El debut de Alianza en el torneo local en 2003 fue un clásico. Farfán alineó y con su primer gol a Universitario le dio el triunfo a AL. En aquel primer semestre jugó su primera Copa Libertadores y también le anotó por primera vez a Sporting Cristal, que se llevó el título del Apertura. En el Clausura su producción en arco rival fue mayor: Jefferson se juntó con Wilmer Aguirre, Junior Viza y compañía y Alianza Lima ganaba y lideraba, pero la huelga de futbolistas puso punto final al torneo. Empero, Alianza fue declarado campeón del torneo corto y tuvo que definir el título con Cristal. Ya al año siguiente y jugándose la prórroga, Farfán puso la cabeza, Alianza Lima ganó 2-1 y campeonó. Segundo título nacional para la "Foquita".
Aunque no lo terminó en el Perú, 2004 fue EL año de Farfán en Alianza. Una vez más el cuadro íntimo lideraba el Apertura y Jefferson era la pieza clave, esta vez convertido en el hombre gol del cuadro de Gustavo Costas. Para el recuerdo quedó otro gol a Universitario: autopase de taco y remate para batir a "Chiquito" Flores. También jugó la Libertadores: aunque Alianza empezó mal, consiguió tres triunfos seguidos (todos los goles los hizo Farfán) y llegó al último partido con chances de pasar de ronda.
Tras anotarle dos goles a Unión Huaral, Farfán alineó ante Wanka y fue amonestado. Así, Jeffry se perdió el partido ante San Martín y una vez que se reanudó el torneo ya no estaba en Matute. Se marchó siendo goleador de Alianza (14 tantos) y uno de los artilleros del Apertura. Mientras empezaba su andar en el extranjero, Alianza se consagraba campeón del torneo y posteriormente de la temporada completa (tercero para Farfán).
Al igual que Alianza Lima, Jefferson está de vuelta. Ahora queda la expectativa sobre lo que podrá hacer en la parte final de su carrera, que incluyó otras destacadas temporadas afuera y si seguirá siendo llamado a la selección, que integra desde su primera etapa en el cuadro victoriano y en la que también fue figura.