Dieciséis equipos mantienen opciones de llegar a la Liga 1 vía la Copa Perú. Estos elencos superaron las primeras dos fases y se eliminarán en partidos de ida y vuelta en busca de los cupos a cuartos de final. En cuanto a los perdedores, deberán iniciar la campaña 2020 en la Etapa Provincial.
Nacional - Comerciantes FC (*)
Octavio Espinosa - Credicoop San Cristóbal
Sport Áncash FC - Deportivo Garcilaso
Sport Huanta - Sport Chavelines
ADT - Juventud Municipal
Las Palmas - CSD Llacuabamba
Miguel Grau - Carlos Stein
Escuela JTR - Sport Estrella
(*) El clasificado en primera instancia era Alfonso Ugarte, pero según la Resolución Nº 016-CCRD-FPF se le restó un punto por "incumplimiento de pago", por lo que Comerciantes FC pasa a octavos de final.