Miércoles 23 de setiembre
Apollon 0-5 Lech Poznan
Jueves 24 de setiembre
Ararat-Armenia 1-0 Celje
KuPS 2-0 Suduva
Videotón 0(4)-0(1) Reims
Viktoria Plzen 3-0 Sonderjyske
FK Rostov 1-2 Maccabi Haifa
Besiktas 1(2)-1(4) Rio Ave
Charleroi 2-1 Partizan
CSKA Sofia 3-1 B36
Djurgardens 0-1 CFR Cluj
Floriana 0(2)-0(4) Flora
Malmo 5-0 Lokomotiva Zagreb
Mura 1-5 PSV
Riga FC 0-1 Celtic
Rosenborg 1-0 Alanyaspor
FCSB 0-2 Slovan Liberec
Hapoel Be'er Sheva 3-0 Motherwell
APOEL 2(4)-2(2) Zrinjski
FC Copenhague 3-0 Piast Gliwice
FK Sarajevo 2-1 Buducnost
Galatasaray 2-0 Hajduk Split
Granada CF 2-0 Locomotive Tbilisi
KÍ Klaksvik 6-1 Dinamo Tbilisi
Sheriff Tiraspol 1(3)-1(5) Dundalk
Shkendija 1-3 Tottenham
Standard Lieja 2-1 Vojvodina
Wolfsburg 2-0 Desna
AC Milan 3-2 Bodo/Glimt
Basel 3-2 Anorthosis
LASK 7-0 Dun. Streda
Legia Varsovia 2-0 Drita
St. Gallen 0-1 AEK
Rijeka 2-0 Kolos Kovalivka
Sporting CP 1-0 Aberdeen
Willem II 0-4 Rangers
En negrita, los clasificados a la siguiente fase (cuarta)
NOTA: Tirana y Ludogorets clasificaron directamente a la cuarta fase.