Carlos Stein se fundó el 6 de marzo del 2012 en José Leonardo Ortiz. Con meses de fundado el equipo participó en Tercera División Distrital y ascendió. En 2013 hizo lo propio de Segunda a Primera Distrital. Para 2014 el Stein debutó en dicha categoría, pero no pudo alcanzar un cupo a la Etapa Provincial.
Para la temporada 2015 el Stein hizo una buena primera fase y avanzó a la liguilla por el título distrital pero una vez más no pudo acceder a la Provincial. En 2016 Stein mejoró: clasificó por primera vez al Interligas chiclayano.
En 2017 Carlos Stein realizó su primera gran campaña. Superó con éxito las etapas Distrital, Provincial y Departamental, aunque coincidentemente sin campeonar en ninguna de ellas. El cuadro leonardino accedió al repechaje y remó para eliminar a Somos Olímpico, pero en octavos de final fue superado por Atlético Grau. La campaña del 2018 empezó en la Provincial, instancia que superó al igual que la Departamental. Stein clasificó una vez más al repechaje y estaba a punto de llegar a octavos, pero Deportivo Garcilaso lo eliminó a último momento.
Stein empezó la temporada 2019 de vuelta en su liga, en la que campeonó tras conseguir muchas goleadas. En la Provincial siguió avanzando y volvió a consagrarse campeón. Pasó sin apuros la fase de grupos de la Departamental y tras eliminar a Santa María en semifinales venció en la final a JJ Arquitectura. Tras quedar entre los mejores de la Tabla Única de la Nacional, Stein superó en la segunda fase a Manaos. La campaña parecía terminar a manos del Miguel Grau de Abancay, pero la dirigencia reclamó por alineación indebida de un jugador abanquino y consiguió el pase a cuartos de final, instancia en la que dio cuenta de otro candidato como Credicoop San Cristóbal. Ya en la Finalísima, Stein debutó con empate ante Sport Estrella, se recuperó con un triunfo sobre Chavelines y cerró con un empate ante Llacuabamba. El cuadro liberteño era el campeón, pero cometió un error similar al del Grau y perdió en mesa: de esta manera Carlos Stein se consagraba campeón de la Copa Perú, con un equipo en el que figuraban Fidel Inolopú, Mario Soto, Tunde Enahoro y Carlos León, entre otros.