Con León en el fútbol profesional, Alianza Universidad se convirtió en el gran protagonista del ascenso en Huánuco a inicios de #Los2010. En 2010 el cuadro azulgrana se consagró campeón departamental, pero en la Regional quedó eliminado a manos del ADT. La siguiente temporada fue mucho mejor para el cuadro huanuqueño, pues ganó su grupo en la Regional y en la Nacional eliminó sucesivamente a Sport Victoria y ADT, para luego ser superado por Real Garcilaso. El ascenso a Primera no fue posible, pero logró acoplarse a la Segunda División.
En su debut en Segunda, Alianza Universidad se movió principalmente a media tabla, aunque albergó chances de campeonar hasta la penúltima fecha. En la temporada 2012 destacó Jesús Reyes, quien fue el goleador del certamen. En la siguiente temporada el cuadro azulgrana no logró despegar de la medianía de la tabla y el título le quedó aún más lejos, pero nuevamente Reyes se desmarcó como artillero del torneo.
Luego de dos temporadas sin premio, Alianza Universidad encaró la Segunda 2014 con mucha ambición. Se armó un plantel más fuerte y pronto se convirtió en candidato de fuerza para campeonar. A la par que lideraba el plantel se incrementaba, pero luego vino un bajón y la ventaja se echó a perder. Con una derrota ante Municipal -posterior campeón- en la penúltima fecha el título quedó definitivamente fuera de su alcance. En 2015 llegó José Soto con varios expupilos suyos en Mannucci, pero una vez más el título le fue esquivo. Una racha sin victorias -y de paso sin goles a favor- en la primera rueda conspiró contra el objetivo trazado.
Por fin de vuelta
Para la temporada 2016 volvió Mifflin Bermúdez, quien ya había dirigido al equipo en torneos anteriores. El cuadro azulgrana nuevamente se mantuvo a la vanguardia, pero cedió puntos claves y una vez más quedó al margen de la pelea por el título. En 2017 la dirigencia optó por dejar la Segunda y volver a la Copa Perú. Nuevamente se consagró campeón departamental y accedió al repechaje, en el que si bien avanzó en cancha, quedó al margen por no cumplir con la cuota de oriundos: el beneficiado fue Juan Aurich Pastor.
En 2018 Alianza Universidad debió empezar de cero. Superó las Etapas Distrital y Provincial sin mayor contratiempo y en la Departamental volvió a consagrarse campeón. En la Etapa Nacional nuevamente tuvo que jugar el repechaje, en el que eliminó al AD Huamantanga. Para llegar a la Finalísima se sacó de encima a dos pesos pesados como Alfonso Ugarte y Atlético Torino. Alianza Universidad no pudo ser campeón de la Copa Perú -Pirata lo desplazó por diferencia de goles- pero se desquitó en el Cuadrangular de Ascenso: con un 2-0 sobre Santos el cuadro huanuqueño volvió a Primera luego de casi 30 años. Jugadores que actuaron en Segunda como Carlos Laura, Paul Bashi, José Rivas y Giovany Morales fueron de los más destacados: a ellos se les sumó Jack Durán, quien se integró a partir de la Finalísima.
Para afrontar la Liga 1 se sumaron jugadores como Diego Morales, Rolando Bogado, Julio Landauri y Lionard Pajoy, mientras que Ronny Revollar se mantuvo como técnico. En el Apertura el cuadro azulgrana se mantuvo a media tabla y Durán fue una de sus figuras. Un escenario similar se presentó para el Clausura, aunque terminó más cerca de llegar a la Copa Sudamericana que de perder la categoría. Sin embargo, Alianza Universidad hizo de Huánuco una de las mejores plazas de la temporada.
Campañas de Alianza Universidad
2010: Octavofinalista en la Copa Perú2011: Semifinalista de la Copa Perú
2012: Quinto en la Segunda División
2013: Quinto en la Segunda División
2014: Cuarto en la Segunda División
2015: Sexto en la Segunda División
2016: Sétimo en la Segunda División
2017: Repechaje en la Copa Perú
2018: Subcampeón de la Copa Perú, segundo del Cuadrangular de Ascenso
2019: Duodécimo en la Liga 1