Si bien Villarreal había ganado un par de veces la Copa Intertoto, este era un torneo clasificatorio a la Copa UEFA en el que había más de un campeón por temporada. El "Submarino Amarillo" ganó con autoridad su grupo y fue avanzando en gran parte gracias a resultados clave fuera de casa hasta llegar a la final. Ante un rival más ducho en este tipo de definiciones, Villarreal se fue hasta la tanda de penales y tuvo en su arquero al héroe del partido. Con un experto en Europa League (Unai Emery) en el banquillo, Villarreal logró su primer gran título europeo sin haber conocido la derrota.
Fecha 1: Villarreal 5-3 Sivasspor
Fecha 2: Qarabağ 1-3 Villarreal
Fecha 3: Villarreal 1-0 Maccabi Tel Aviv
Fecha 4: Maccabi Tel Aviv 1-1 Villarreal
Fecha 5: Sivasspor 0-1 Villarreal
Fecha 6: Villarreal 3-0 Qarabağ (no se jugó)
Villarreal primero del Grupo I.Dieciseisavos de final
Ida: RB Salzburg 0-2 Villarreal (Paco Alcácer, Fer Niño)
Vuelta: Villarreal 2-1 RB Salzburg (Gerard Moreno)
Octavos de final
Dínamo Kiev 0-2 Villarreal (Pau Torres, Raúl Albiol)
Villarreal 2-0 Dínamo Kiev (Gerard Moreno 2)
Cuartos de final
Dinamo Zagreb 0-1 Villarreal (Gerard Moreno)
Villarreal 2-1 Dinamo Zagreb (Paco Alcácer, Gerard Moreno)
Villarreal 2-1 Arsenal (Manu Trigueros, Raúl Albiol)
Arsenal 0-0 Villarreal
Final
Villarreal 1(11)-1(10) Manchester United (Gerard Moreno).
Goleador: Gerard Moreno (7 goles)
Más partidos jugados: Manu Trigueros (14)
El más veterano: Raúl Albiol (35 años)
El más joven: Yeremi Pino (18 años)
Palmarés internacional del Villarreal
1 Europa League (2020/2021)2 Copas Intertoto