Los equipos que se mencionan a continuación son los que pasaron todas las pruebas (esto es, superaron las etapas previas) y estarán en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2026, que volverá a constar de 50 equipos.
Juan Pablo II (Chachapoyas, Chachapoyas, Amazonas)
Deportivo Sachapuyos (Chachapoyas, Chachapoyas, Amazonas)
Sport Áncash FC (Huaraz, Huaraz, Áncash)
Alianza Arenal (Moro, Santa, Áncash)
Miguel Grau (Abancay, Abancay)
Unión Minas de Pamputa (Coyllurqui, Cotabambas)
VIARGOCA FC (Atico, Caravelí, Arequipa) (*)
Virgen de las Nieves (Yanaquihua, Condesuyos, Arequipa)
Por la Santa FC (Andrés A. Cáceres D., Huamanga, Ayacucho)
Defensor Patibamba (Patibamba, La Mar, Ayacucho) (*)
ADA Cajabamba (Cajabamba, Cajabamba, Cajamarca) (*)
El Combe FC (Cajabamba, Cajabamba, Cajamarca)
Juventud Palmeiras (Mi Perú, Callao)
Estrella Roja (Int. Dulanto, Callao)
Vinicunca FC (Pitumarca, Canchis, Cusco)
CD Huayruro (Livitaca, Chumbivilcas, Cusco)
Sport Machete (Lircay, Angaraes, Huancavelica) (*)
Heraldos Negros (Ascensión, Huancavelica, Huancavelica)
Atlético Evza (Huánuco, Huánuco, Huánuco)
Constructores (Uchiza, Tocache, Huánuco) (**)
Domingo Dianderas (Chincha Alta, Chincha, Ica)
Bad Boys (San Clemente, Pisco, Ica)
CESA (San Agustín de Cajas, Huancayo, Junín)
Atlético Chanchamayo (San Ramón, Chanchamayo, Junín) (*)
Cachorro (Motupe, Lambayeque, Lambayeque)
Cruz de Chalpón (Motupe, Lambayeque, Lambayeque)
Sport River (Florencia de Mora, Trujillo, La Libertad)
El Inca (Chao, Virú, La Libertad) (*)
Arsenal / Lawn Tennis (Jesús María, Lima, Lima)
Bella Esperanza (Cerro Azul, Cañete, Lima)
ANI (Iquitos, Maynas, Loreto)
CD UNAP (Iquitos, Maynas, Loreto)
ADEVIL FC (Inambari, Tambopata, Madre de Dios)
FC La Masía Nace (Huepetuhe, Manu, Madre de Dios) (*)
Atlético Huracán (Moquegua, Mariscal Nieto, Moquegua)
Liberty School (Moquegua, Mariscal Nieto, Moquegua)
Sociedad de Tiro N° 28 (Tinyahuarco, Pasco, Pasco)
Academia Pepe (Palcazú, Oxapampa, Pasco)
Deportivo Caysa (Chulucanas, Morropón, Piura)
Atlético Torino (Pariñas, Talara, Piura) (*)
Leones de Anccaca (Pichacani, Puno, Puno)
CEFUT Juliaca (Juliaca, San Román, Puno)
AF Sport Huaja (Sisa, El Dorado, San Martín)
Shanao FC (Shanao, Lamas, San Martín)
Virgen de la Natividad (Tacna, Tacna, Tacna)
Vendaval Azul (Alto de la Alianza, Tacna, Tacna)
UD Chulucanas (Aguas Verdes, Zarumilla, Tumbes)
SD Pacífico (Zarumilla, Zarumilla, Tumbes)
Deportivo Bancos (Callería, Coronel Portillo, Ucayali)
Municipal de Atalaya (Raimondi, Atalaya, Ucayali)
(*) Equipo que jugó la Etapa Nacional de la Copa Perú 2025.
(**) Equipo oriundo de una jurisdicción distinta a la que compite.
En negrita, equipos con pasado profesional (Áncash, Bancos, Pacífico y Torino jugaron en Primera División).