Los 19 equipos se dividirán en tres grupos (dos de seis equipos y uno de siete) y se jugarán dos torneos: Apertura y Clausura. Los ganadores de cada torneo corto se enfrentarán en la gran final, cuyo ganador será el campeón absoluto y clasificará a la Copa Libertadores Sub-20 2026. Asimismo, el mejor ubicado ascenderá a la Liga3, siempre que no tenga un equipo jugando dicha categoría (Alianza Lima, ADT, Cienciano, FBC Melgar, Sport Boys, Sport Huancayo y Universitario).
Este torneo reemplaza al de Reservas, que se jugó entre 2010 y 2024.