Cusco FC buscaba mejorar su campaña del 2021, en la que se salvó por un pelo del descenso. Sin embargo, cuando ya tenía un plantel armado para jugar Liga1, un fallo del TAS le restó puntos y lo condenó al descenso. La dirigencia negridorada asumió la realidad y decidió jugar Liga2, pero con un detalle: mantuvo a su plantel.
Con el retorno de las localías, Cusco se hizo muy fuerte en dicha condición. Ganó el Apertura sobre el final y en el Clausura repitió el plato, para así volver a Primera División sin necesidad de jugar partidos extra. Cusco FC fue el mejor equipo de la temporada e hizo valer la experiencia de sus jugadores, varios de ellos de amplia trayectoria inclusive en Primera.
Apertura
Fecha 1: Unión Comercio 1-0 Cusco FC
Fecha 3: Cusco FC 2-2 Alfonso Ugarte (Felipe Rodríguez, Mauricio Montes)
Fecha 4: Sport Chavelines 0-1 Cusco FC (Felipe Rodríguez)
Fecha 5: Cusco FC 2-0 Pirata FC (Horacio Benincasa, Abdiel Ayarza)
Fecha 6: Deportivo Llacuabamba 0-0 Cusco FC
Fecha 7: Cusco FC 2-1 Los Chankas CYC (Felipe Rodríguez, Abdiel Ayarza)
Fecha 8: Santos FC 1-2 Cusco FC (José Fajardo 2)
Fecha 9: Cusco FC 3-0 Deportivo Coopsol (Abdiel Ayarza 2, José Arroyo)
Fecha 10: Unión Huaral 0-1 Cusco FC (Abdiel Ayarza)
Fecha 11: Cusco FC 2-0 Juan Aurich (Felipe Rodríguez, José Fajardo)
Fecha 12: Alianza UDH 0-2 Cusco FC (Abdiel Ayarza 2)
Fecha 13: Cusco FC 3-2 Comerciantes Unidos (Felipe Rodríguez 2, José Fajardo)
Clausura
Fecha 1: Cusco FC 4-1 Unión Comercio (José Fajardo 4)
Fecha 3: Alfonso Ugarte 0-1 Cusco FC (José Fajardo)
Fecha 4: Cusco FC 3-0 Sport Chavelines (ver NOTA)
Fecha 5: Pirata FC 2-2 Cusco FC (Abdiel Ayarza 2)
Fecha 6: Cusco FC 2-0 Deportivo Llacuabamba (Abdiel Ayarza 2)
Fecha 7: Los Chankas CyC 1-1 Cusco FC (Diego Minaya)
Fecha 8: Cusco FC 4-1 Santos FC (Horacio Benincasa, Jared Ulloa, José Fajardo, Felipe Rodríguez)
Fecha 9: Deportivo Coopsol 1-2 Cusco FC (Rolando Díaz, José Fajardo)
Fecha 10: Cusco FC 2-0 Unión Huaral (José Fajardo, Felipe Rodríguez)
Fecha 11: Juan Aurich 0-3 Cusco FC (Felipe Rodríguez, Rolando Díaz 2)
Fecha 12: Cusco FC 2-1 Alianza UDH (Abdiel Ayarza, José Fajardo)
Fecha 13: Comerciantes Unidos 2-1 Cusco FC
Plantel
Arqueros: Daniel Ferreyra, Éder Hermoza, Gerson Valladares.
Defensas: Diego Minaya, Horacio Benincasa, Junhior Velásquez, Anthony Gordillo, Manuel Corrales, Carlos Orbe, Edy Rentería.
Volantes: Felipe Rodríguez, Miguel Aucca, Abdiel Ayarza, Matías Abisab, Miguel Carranza, Alfredo Ramúa, Royer Villano, David Perleche, Pedro Peral, Piero Cabel, Jairo Uscamayta.
Delanteros: José Fajardo, Jared Ulloa, Rolando Díaz, James Morales, Mauricio Montes.
Mejor resultado: Cusco FC 4-1 Unión Comercio y Cusco FC 4-1 Santos FC (Clausura)
Goleador: José Fajardo (14 goles).
El que más jugó: Daniel Ferreyra (23 partidos, todos).
Los más veteranos: Daniel Ferreyra y Manuel Corrales (40 años).
El más joven: David Perleche (19 años).
Técnico: Pablo Peirano (reemplazó a Marcelo Grioni, quien dirigió el primer partido).
Palmarés Principal de Cusco FC
1 Liga2 (2022)
1 Copa Perú (2011)
1 vez campeón departamental del Cusco (2011)
En cursiva, jugadores que no tuvieron participación (pero sí salieron en lista en algún partido) o que no terminaron la temporada.
NOTA: Cusco FC ganó sin jugar puesto que su rival no presentó médico en su lista.