Los equipos que se mencionan a continuación son los que pasaron todas las pruebas (esto es, superaron las etapas previas) y estarán en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2023.
1. Real Atlético Nueva (Huepetuhe - Manu, Madre de Dios)
2. FC La Masía Nace (Huepetuhe - Manu, Madre de Dios)
3. Hijos del Altiplano y del Pacífico (El Algarrobal - Ilo, Moquegua)
4. UCV Moquegua (Moquegua)
5. Atlético Hospital FC (Contamana - Ucayali, Loreto)
6. Pedro del Castillo Ríos ex 160 (Yurimaguas - Alto Amazonas, Loreto)
7. Renovación Pacífico (Tumbes)
8. Boca Juniors de La Choza (Casitas - Contralmirante Villar, Tumbes)
9. FC San Marcos (San Marcos - Huari, Áncash)
10. Star Áncash FC (Huaraz, Áncash)
11. Ecosem Pasco (Tinyahuarco - Pasco, Pasco) (*)
12. Sociedad de Tiro N° 28 (Tinyahuarco - Pasco, Pasco)
13. Independiente de Huachog (Santa María del Valle, Huánuco)
14. Castle FC (Tomaykichwa - Ambo, Huánuco)
16. Bentín Tacna Heroica (Alto de la Alianza, Tacna)
17. Defensor Tacna (Tacna)
18. Maristas Huacho (Huacho - Huaura, Lima)
19. AD Tahuishco (Moyobamba, San Martín)
20. Unión Tarapoto FC (Tarapoto - San Martín, San Martín)
21. Asociación Deportiva Agropecuaria (Jaén, Cajamarca)
22. Asociación Deportiva Arteaga (Cajabamba, Cajamarca)
23. Lolo Fernández (Puquio - Lucanas, Ica)(**)
24. Alianza Pisco (Pisco, Ica)
25. Unión Santo Domingo (Chachapoyas - Chachapoyas, Amazonas)(*)
26. Deportivo Municipal (Jazán - Bongará, Amazonas)
27. Juan Pablo II College (Chongoyape- Chiclayo, Lambayeque)
28. Juventud La Joya (Lambayeque)
29. Nacional FBC (Mollendo - Islay, Arequipa)(*)
30. FBC Aurora (Arequipa)
Huracán de Trapiche (Santa Rosa de Quives - Canta, Lima)
FC Municipal (Challhuahuacho - Cotabambas, Apurímac)
Miguel Grau (Abancay, Apurímac)
Deportivo Vianney (Ascensión, Huancavelica)(*)
Cristo Rey (La Brea - Talara, Piura)
Olimpia FC (La Unión, Piura)
Atlético Chanchamayo (San Ramón - Chanchamayo, Junín)
Sport Cáceres (Jesús Nazareno - Huamanga, Ayacucho)(*)
VRAEM FC (Pichari - VRAE, Ayacucho)(**)
Calidad Porteña (La Perla, Callao)
Juventud Palmeiras (Mi Perú, Callao)(*)
Atlético Juventud Inclán (Calca, Cusco)
Defensor Cubillas (Espinar, Cusco)(*)
CESA (San Agustín de Cajas - Huancayo, Junín)(*)
Defensor Porvenir (El Porvenir - Trujillo, La Libertad)
Escuela Municipal (Tournavista - Puerto Inca, Ucayali)(**)
Inter FC (Manantay - Coronel Portillo, Ucayali)
Diablos Rojos (Juliaca - San Román, Puno)
Diablos Rojos (Huancavelica)
Alfonso Ugarte de Chiclín (Trujillo, La Libertad)
FC Cajamarca (Cajamarca)(ver NOTA)
Campeones y subcampeones
Unión Santo Domingo y Municipal de Jazán.
FC San Marcos y Star Áncash FC.
Miguel Grau y FC Municipal.
Nacional FBC y FBC Aurora.
Sport Cáceres y VRAEM FC.
ADA (Jaén) y FC Cajamarca.
Calidad Porteña y Juventud Palmeiras.
Atlético Juventud Inclán y Defensor Cubillas.
Deportivo Vianney y Diablos Rojos (Huancavelica).
Independiente de Huachog y Castle FC.
Alianza Pisco y Lolo Fernández.
CESA y Atlético Chanchamayo.
Defensor Porvenir y Alfonso Ugarte de Chiclín.
Juan Pablo II y Juventud La Joya.
Huracán de Trapiche y Maristas Huacho.
Atlético Hospital y Pedro del Castillo Ríos.
Hijos del Altiplano y del Pacífico y UCV Moquegua.
Ecosem Pasco y Sociedad de Tiro.
Olimpia FC y Cristo Rey.
Unión Ángeles y Diablos Rojos (Juliaca)
Unión Tarapoto FC y AD Tahuishco.
Bentín Tacna Heroica y Defensor Tacna.
Renovación Pacífico y Boca Juniors.
Inter FC y Escuela Municipal.
En negrita, los equipos con pasado en Primera División.
(*) Equipo que jugó la Etapa Nacional de la Copa Perú 2022.
(**) Equipo oriundo de una jurisdicción distinta a la que compite.
NOTA: ADA (Cajabamba) clasificó en primera instancia, pero el viernes 15/09 un fallo le dio la clasificación a FC Cajamarca.
