Los equipos que se mencionan a continuación son los que pasaron todas las pruebas (esto es, superaron las etapas previas) y estarán en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2025, la más multitudinaria de todos los tiempos.
Real Independiente Áncash (San Marcos, Huari, Áncash)
Sport Ayash Huamanín (Chavín de Huántar, Huari, Áncash)
Real Puerto Chimbote (Nuevo Chimbote, Santa, Áncash)
Instituto Apurímac (Andahuaylas, Apurímac)
Hijos de Piscobamba (Ocobamba, Chincheros, Apurímac)
VIARGOCA FC (Atico, Caravelí, Arequipa) (*)
Amigos de la PNP (Cayma, Arequipa, Arequipa)
FD Galaxy (Caylloma, Arequipa)
Defensor Patibamba (Patibamba, La Mar)
Señor de Quinuapata FC (Ayacucho, Huamanga, Ayacucho) (*)
ADA (Cajabamba, Cajabamba, Cajamarca)
Las Palmas (Chota, Chota, Cajamarca)
Hacienda San Agustín (Callao, Callao)
Calidad Porteña (La Perla, Callao)
Munich Sol Naciente (Paucartambo, Cusco)
POR DEFINIR 2
Sport Machete (Lircay, Angaraes, Huancavelica)
Diablos Rojos (Huancavelica, Huancavelica)
León (Huánuco, Huánuco, Huánuco)
Miguel Grau UDH (Huánuco, Huánuco, Huánuco)
Municipal de Chacos (San Rafael, Ambo, Huánuco)
Alianza Pisco (Pisco, Pisco, Ica)
Juventud Ccontacc (Lucanas, Ica) (***)
Sport Puerto Aéreo (La Tinguiña, Ica, Ica)
Atlético Chanchamayo (San Ramón, Chanchamayo, Junín)
Unión Juventud Pomacocha (Yauli, Junín)
Atlético Sumar Motors (El Tambo, Huancayo, Junín)
Sport River (Florencia de Mora, Trujillo, La Libertad)
Juventud Bellavista (La Esperanza, Trujillo, La Libertad)
Amaro Alza Arbulú (Ascope)
Defensor Macabí (Ascope)
Miguel Grau (Chepén)
El Inca (Chao, Virú, La Libertad) (*)
CSDC Tumi (Pimentel, Chiclayo, Lambayeque)
Cachorro (Motupe, Lambayeque, Lambayeque)
América de Tepo (Mochumí, Lambayeque, Lambayeque)
Real Huarcos (San Vicente, Cañete, Lima)
ASA FC (Chancay, Huaral, Lima)
Juventud Huracán (Supe, Barranca, Lima)
Nihue Rao (San Juan Bautista, Maynas, Loreto)
Defensor Balsapuerto (Balsapuerto, Alto Amazonas, Loreto)
FC La Masía Nace (Huepetuhe, Manu, Madre de Dios)
CNB (Tambopata, Tambopata, Madre de Dios)
Hijos del Altiplano y del Pacífico (El Algarrobal, Ilo, Moquegua) (*)
Barrio 12 (Samegua, Mariscal Nieto, Moquegua)
Unión Minas Centromín (Simón Bolívar, Pasco, Pasco)
Deportivo Municipal (Palcazu, Oxapampa, Pasco)
Atlético Torino (Pariñas, Talara, Piura)
Jibaja Che (Huancabamba, Piura)
Estudiantes de Chancay (Bernal, Sechura, Piura)
FC ANBA Perú (Juliaca, San Román, Puno)
San Martín Tours (Chupa, Azángaro)
Illanes Km. 48 (Santiago de Pupuja, Azángaro)
Grandez FC (Tarapoto, San Martín, San Martín)
Alianza Tres Unidos (Tres Unidos, Picota, San Martín)
AD Tahuishco (Moyobamba, Moyobamba, San Martín)
Real Sociedad FBC (Ciudad Nueva, Tacna, Tacna)
Dínamo de Solabaya (Ilabaya, Jorge Basadre, Tacna)
UNT (Tumbes, Tumbes, Tumbes)
Independiente (Zorritos, Contralmirante Villar, Tumbes)
Colegio Comercio (Callería, Coronel Portillo, Ucayali)
Atlético Nacional (Yarinacocha, Coronel Portillo, Ucayali)
(*) Equipo que jugó la Etapa Nacional de la Copa Perú 2024.
(**) Equipo oriundo de una jurisdicción distinta a la que compite.