El Binacional "original" fue fundado el 18 de diciembre de 2010 en Desaguadero (Puno). El cuadro no inició su participación en su liga de origen, sino que se acopló a la Liga Superior de Puno. Por no haber quedado en los dos primeros lugares -que daban cupos a la Departamental-, su campaña 2011 llegó a su fin. En 2012 las cosas mejoraron ostensiblemente, pues Binacional llegó hasta la Nacional y en octavos de final eliminó al Credicoop de Tacna, pero el cuadro puneño quedó eliminado debido a una sanción extemporánea. Quedó como postal el bloqueo del puente internacional de Desaguadero por parte de pobladores de la zona a modo de protesta.
En 2013 Binacional se consagró campeón departamental y nuevamente accedió a la Etapa Regional. Superó dicha etapa y en la Nacional se topó con San Simón, pero el cuadro moqueguano le cerró el paso. La campaña 2014 fue similar hasta la Departamental, pero en la Regional la historia no fue igual: Unión Alto Huarca (Espinar, Cusco) le impidió llegar una vez más a la Nacional.
En 2015 Binacional arribó a la Departamental por cuarta temporada consecutiva pero no pudo llegar más lejos: tras superar la fase de grupos, Policial Santa Rosa fue su verdugo. Aquel fue virtualmente el fin de la historia de este Binacional, pues a inicios del año siguiente su presidente decidió absorber al club Escuela Municipal de Paucarpata para convertirlo en un "nuevo" Binacional.
Horas de campeonar
La Escuela Municipal Deportivo Binacional llegó a la Etapa Nacional en 2016 y quedó entre los mejores de la primera fase. Tras dejar en el camino a los iqueños Octavio Espinosa y Carlos Orellana, el cuadro celeste llegó a la Finalísima con cierto cartel de favorito, pero las derrotas ante Racing de Huamachuco y Sport Rosario pusieron fin al sueño del título. En 2017 Binacional empezó en la Etapa Departamental y se consagró campeón. En plena primera fase asumió como técnico Luis Flores, con quien el cuadro celeste accedió a octavos de final tras pasar por encima a León de Huánuco. Los siguientes rivales en quedar en el camino fueron Laure Sur y Unión San Martín. Ya en la Finalísima, Binacional goleó a José Carlos Mariátegui, igualó con Atlético Grau y tras vencer 2-0 a Estudiantil CNI se consagró campeón de la Copa Perú. Destacaban jugadores como John Fajardo, Éder Fernández, Yorkman Tello, Andy Polar, Jack Durán, Javier Carnero y Diego Escuza: varios de ellos se mantuvieron de la temporada anterior.
 |
| Binacional celebra el título nacional 2019 |
Para la temporada 2018 Binacional mantuvo la localía en Arequipa. Aunque no pudo llegar a la final del Torneo de Verano, su campaña resultó bastante buena. En el Apertura se mantuvo a media tabla y ya estaba en zona de clasificación a torneos internacionales, objetivo que se aseguró en el Clausura con un 3-2 sobre Alianza Lima. Para entonces, Binacional ya se había reafincado en Moquegua. El técnico que terminó la temporada fue Mario Flores.
En 2019 Binacional se mudó a Juliaca y sumó jugadores como Donald Millán y Juan Pablo Vergara, además de Javier Arce como técnico. La campaña en el Apertura resultó superlativa: Binacional ganó casi todo como local y sumó puntos claves fuera de casa. El desenlace fue con título, este conseguido tras un 2-0 sobre Sport Boys en la penúltima fecha. Las cosas no anduvieron bien en un principio en el Clausura, pero con la llegada de Roberto Mosquera el equipo recuperó posiciones -destacó el 7-0 sobre Alianza Universidad- y se aseguró un cupo en la final nacional. En los días previos a dicha definición Binacional sufrió un duro golpe: Vergara falleció tras sufrir un accidente automovilístico. Binacional se repuso y goleó 4-1 en la ida a Alianza Lima. El cuadro blanquiazul buscó la remontada, pero el 2-0 fue insuficiente y el cuadro puneño alcanzó la cima apenas en su segunda temporada a nivel profesional.
Campañas de Binacional (VER NOTA)
2011: Cuarto en la Liga Superior de Puno2012: Octavofinalista de la Copa Perú
2013: Octavofinalista de la Copa Perú
2014: Tercero del grupo B de la Etapa Regional (VIII)
2015: Segunda fase de la Etapa Departamental de Puno
2016: Cuarto en la Copa Perú
2017: Campeón de la Copa Perú
2018: Octavo en el Descentralizado
2019: Campeón de la Liga 1
NOTA: Hasta el 2015 se consideran las campañas del Binacional "original", desde el 2016 se consideran la del club que actualmente juega la Liga 1.