Los equipos que se mencionan a continuación son los que pasaron todas las pruebas (esto es, superaron las etapas previas) y estarán en la Etapa Nacional de la Copa Perú 2025, la más multitudinaria de todos los tiempos.
VIARGOCA FC (Atico, Caravelí, Arequipa) (*)
ADA (Cajabamba, Cajabamba, Cajamarca)
Calidad Porteña (La Perla, Callao)
Munich Sol Naciente (Challabamba, Paucartambo, Cusco)
Unión Social Pacopata (Pallpata, Espínar, Cusco)
Señor Justo Juez (San Salvador, Calca, Cusco)
Sport Machete (Lircay, Angaraes, Huancavelica)
León (Huánuco, Huánuco, Huánuco) Municipal de Chacos (San Rafael, Ambo, Huánuco)
Alianza Pisco (Pisco, Pisco, Ica)
Juventud Ccontacc (Lucanas, Ica) (***)
Sport Puerto Aéreo (La Tinguiña, Ica, Ica)
Unión Juventud Pomacocha (Yauli, Junín)
Atlético Chanchamayo (San Ramón, Chanchamayo, Junín)
Atlético Sumar Motors (El Tambo, Huancayo, Junín)
Sport River (Florencia de Mora, Trujillo, La Libertad)
Juventud Bellavista (La Esperanza, Trujillo, La Libertad)
El Inca (Chao, Virú, La Libertad) (*)
CSDC Tumi (Pimentel, Chiclayo, Lambayeque)
Cachorro (Motupe, Lambayeque, Lambayeque)
América de Tepo (Mochumí, Lambayeque, Lambayeque)
Real Huarcos (San Vicente, Cañete, Lima)
ASA FC (Chancay, Huaral, Lima)
Juventud Huracán (Supe, Barranca, Lima)
Nihue Rao (San Juan Bautista, Maynas, Loreto)
Defensor Balsapuerto (Balsapuerto, Alto Amazonas, Loreto)
FC La Masía Nace (Huepetuhe, Manu, Madre de Dios)
CNB (Tambopata, Tambopata, Madre de Dios)
Hijos del Altiplano y del Pacífico (El Algarrobal, Ilo, Moquegua) (*)
Barrio 12 (Samegua, Mariscal Nieto, Moquegua)
Unión Minas Centromín (Simón Bolívar, Pasco, Pasco)
Deportivo Municipal (Palcazú, Oxapampa, Pasco)
Atlético Torino (Pariñas, Talara, Piura)
Jibaja Che (Huancabamba, Piura)
Estudiantes de Chancay (Bernal, Sechura, Piura)
FC ANBA Perú (Juliaca, San Román, Puno)
San Martín Tours (Chupa, Azángaro, Puno)
Illanes Km. 48 (Santiago de Pupuja, Azángaro, Puno)
Grandez FC (Tarapoto, San Martín, San Martín)
Alianza Tres Unidos (Tres Unidos, Picota, San Martín)
AD Tahuishco (Moyobamba, Moyobamba, San Martín)
Real Sociedad FBC (Ciudad Nueva, Tacna, Tacna)
Dínamo de Solabaya (Ilabaya, Jorge Basadre, Tacna)
UNT (Tumbes, Tumbes, Tumbes)
Independiente (Zorritos, Contralmirante Villar, Tumbes)
Colegio Comercio (Callería, Coronel Portillo, Ucayali)
(*) Equipo que jugó la Etapa Nacional de la Copa Perú 2024.
(**) Equipo oriundo de una jurisdicción distinta a la que compite.
En negrita, equipos con pasado profesional (Torino y León jugaron en Primera División).